La investigación en el Nuevo Gimnasio atraviesa el currículo escolar en tanto parte de crear la curiosidad por entender la manera en que funcionan los fenómenos naturales y sociales del mundo en los estudiantes de primaria. En los grados posteriores, se orientan hacia la identificación y adquisición de las herramientas cognitivas y metodológicas que los conducirán a lograrlo. En este sentido, intuiciones, nociones, proposiciones y conceptos se convierten en los andamiajes cognitivos que permiten a los estudiantes analizar e interpretar los objetos de estudio propuestos en sus clases, objetivados en los proyectos integrados o establecidos en sus nodos de investigación durante los dos últimos años de educación escolar. La metodología para la formación en investigación en el colegio está basada en la conformación de comunidades de aprendizaje que construyen conocimientos de manera cooperativa y reconociendo su importancia para el progreso y bienestar social.